역전환 양적 폴리메라즈 연쇄 반응 (RT-qPCR) 은 민감하고 효율적인 RNA 정량화를 위한 강력한 도구로 등장했습니다.전 세계 연구소에서 유전자 발현 분석에 혁명을 일으키는이 포괄적 인 가이드에서는 이 필수적인 기술의 핵심 원칙과 실제 응용을 탐구합니다.
RT-qPCR는 RNA를 보충 DNA (cDNA) 로 역전환하여 양적 PCR 증폭을 결합합니다.각 PCR 사이클에서 형광 검출을 통해 RNA 수치를 정확하게 측정할 수 있도록유전자 발현 연구, 병원체 검출 및 질병 연구에서 널리 적용되는 이 기술은 비교할 수 없는 민감성과 특수성을 제공합니다.
연구자들은 두 가지 주요 방법론 (그림 1, 표 1) 사이에서 결정해야합니다. 한 단계 방법은 하나의 튜브에서 역 복사 및 PCR 증폭을 수행합니다.2단계 접근 방식은 각 단계에 최적화된 조건으로 이 과정을 분리합니다..
| 방법 | 장점 | 단점 |
|---|---|---|
| 1단계 |
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| 2단계 |
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mRNA는 약간 더 높은 감수성을 제공하지만 전체 RNA는 일반적으로 초기 세포 수에 대한 우수한 양적 회복과 더 나은 정상화를 제공합니다.mRNA 부양 단계의 제거는 mRNA 복원율의 차이로 인한 잠재적인 편차를 방지합니다., 전체 RNA를 상대적 정량화가 가장 중요한 대부분의 응용 프로그램에 선호되는 선택으로 만듭니다.
2단계 RT-qPCR는 네 가지 기본 접근법을 제공합니다 (그림 2, 표 2):
| 프라이머 타입 | 특징 | 신청서 |
|---|---|---|
| 오리고 (dT) | 폴리 (A) 꼬리를 대상으로, 전체 길이의 cDNA를 생성합니다. | 제한된 시작 재료; 3' 끝 분석 |
| 무작위 프라이머 | RNA 트랜스크립트 전체에 결합 | 구조화된 템플릿; 포괄적인 프로파일링 |
| 염기서열 특성 | 타겟 시퀀스에 맞게 설계된 | 높은 특수성 응용 프로그램 |
주요 효소 특성은 구조화된 RNA 템플릿의 효율적인 트랜스크립션을 위한 열 안정성 및 적절한 RNase H 활동 수준을 포함한다.최소한의 RNase H 활동은 긴 전사본 생성에 도움이 되지만, 중간 활동은 초기 PCR 주기에 RNA- DNA 복합 녹기를 촉진함으로써 qPCR 효율성을 향상시킵니다.
최적의 qPCR 프라이머는 엑손-엑손 결합을 통해 오염된 유전체 DNA의 증폭을 방지해야 합니다.유전체 DNA 간섭을 제거하기 위해 DNase 치료가 필수적입니다..
"no-RT" 컨트롤은 DNA 오염을 탐지하기 위해 역전역을 생략함으로써 중요한 품질 검사 역할을 합니다.이 통제의 모든 증폭은 실험 결과를 손상시킬 수있는 오염 DNA의 존재를 나타냅니다..
이러한 기술적 매개 변수를 신중하게 고려함으로써 연구자들은 RT-qPCR의 잠재력을 완전히 활용하여 신뢰할 수있는재현 가능한 유전자 발현 데이터가 다양한 연구 분야에 대한 과학적 이해를 향상시킵니다..
담당자: Ms. Lisa